一つの属に、性質の違う菌が詰め込まれていた

ヨーグルト、漬物、味噌、チーズなど、多くの発酵食品に関わる乳酸菌の中心的なグループが、ラクトバチルス（Lactobacillus）属です。乳酸菌飲料やサプリメントの表示でも、この名前はよく目にしてきました。

ところが、このラクトバチルス属は長年、分類上の大きな課題を抱えていました。2020年3月の時点で、この属には261種が含まれており、その性質、暮らす環境、遺伝子のいずれの面でも、きわめて多様だったのです [1]。乳製品に棲む菌、植物に棲む菌、動物の腸に棲む菌、昆虫に棲む菌などが、一つの属にまとめられていました。

2020年、国際的な研究チームは、ゲノム全体の情報をもとにこの分類を見直し、ラクトバチルス属を25の属に分けることを提案しました [1]。

ゲノム全体を使った見直し

この研究では、ラクトバチルス科（Lactobacillaceae）とロイコノストック科（Leuconostocaceae）の分類が、全ゲノム配列にもとづいて評価されました [1]。評価には、コアゲノム（多くの菌に共通する遺伝子）による系統樹、タンパク質のアミノ酸配列の平均的な一致度、グループに特有の遺伝子、生理的な性質、そして菌が暮らす環境が用いられました [1]。

こうした複数の観点からの評価にもとづいて、研究チームはラクトバチルス属を25の属に再分類することを提案しました [1]。その内訳は、範囲を見直した新しい意味でのラクトバチルス属、パララクトバチルス（Paralactobacillus）属、そして新たに名づけられた23の属です。あわせて、それまで別の科だったロイコノストック科の属をラクトバチルス科に含める見直しも提案されました [1]。

よく目にする菌の新しい名前

新しく提案された23の属には、食品や健康の分野でよく登場する菌を含むものが多くあります [1]。主な例を挙げます。

  • Lactiplantibacillus：漬物などの植物性発酵食品で知られる L. plantarum などが含まれます（旧 Lactobacillus plantarum）。
  • Lacticaseibacillus：L. casei、L. rhamnosus などが含まれます。
  • Limosilactobacillus：L. reuteri、L. fermentum などが含まれます。
  • Latilactobacillus：L. sakei などが含まれます。
  • Fructilactobacillus：サワードウ（乳酸菌と酵母で発酵させるパン種）の発酵で知られる L. sanfranciscensis などが含まれます。
  • Lentilactobacillus：L. kefiri などが含まれます。

一方、範囲を見直したラクトバチルス属には、Lactobacillus delbrueckii、L. acidophilus、L. crispatus、L. johnsonii など脊椎動物に適応した種や、L. apis などミツバチのような無脊椎動物に適応した種が残りました [1]。ヨーグルトの製造に使われる L. delbrueckii は、引き続きラクトバチルス属です。

名前が変わっても、菌は変わらない

再分類によって、菌そのものの性質が変わるわけではありません。今回の再分類は、微生物の系統上の位置を反映し、生態や代謝の性質を共有する、まとまりのよいグループへ乳酸菌を整理し直したものです [1]。

研究チームは、2020年までラクトバチルス科に分類されていたすべての菌を指す総称として、「ラクトバチルス類（lactobacilli）」という言葉は今後も有用であるとしています [1]。

実際に読む側として注意したいのは、2020年以前の論文や製品の表示では旧い名前が、それ以降は新しい名前が使われることが多く、両者が混在している点です。同じ菌を指しているかどうかを確かめながら読むことが大切です。乳酸菌の働きは菌株ごとに異なり、名前が同じ種でも菌株によって性質が違うことにも注意が必要です。菌株による違いについては、プロバイオティクスと菌株特異性の記事で整理しています。

発酵と健康を読むための「地図」として

乳酸菌は、発酵食品の製造でも、腸内細菌の研究でも、中心的な存在です。どの菌がどの環境に適応し、どのような代謝の性質を持つのかが系統と一致する形で整理されたことは、発酵食品の微生物を理解するうえでも、健康に関わる研究を読み解くうえでも、見通しのよい地図を得たことを意味します。

新しい名前に戸惑うこともありますが、それは乳酸菌の多様さを正確に反映するための変化です。名前の背後にある系統と性質を意識することで、発酵食品や乳酸菌の研究を、より正確に読めるようになります。

まとめ

ラクトバチルス属は、2020年3月時点で261種を含み、性質・環境・遺伝子のいずれの面でも非常に多様でした [1]。2020年の研究は、全ゲノム配列にもとづく複数の観点から分類を見直し、この属を25の属（範囲を見直したラクトバチルス属、パララクトバチルス属、新たな23の属）に分けることと、ロイコノストック科をラクトバチルス科に含めることを提案しました [1]。たとえば旧 Lactobacillus plantarum の新しい名前は Lactiplantibacillus plantarum です。名前が変わっても菌そのものの性質は変わらず、研究チームは「ラクトバチルス類」という総称も引き続き有用だとしています [1]。

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